全国でもかなり珍しいといわれている江戸時代初期に建てられた教会遺跡。2002年、桜町小学校の校舎建て直しの際に行った発掘調査で教会遺構が発見され、2004年に小学校の構内に資料館を併設し、一般公開しました。教会時代から長崎代官末次・高木屋敷時代の出土遺物などが展示されています。16世紀末の長崎開港期、長崎代官でキリシタンでもあった村山等安所有のこの土地に、1609年（慶長14年）建てられたのがサント・ドミンゴ教会です。