九州の北西端に位置する平戸市生月島は、かくれキリシタンや古式捕鯨などの貴重な歴史文化を有しており、博物館はこれらを紹介する施設として平成7年に開館。展示スペースは、「勇魚とりの物語（捕鯨）」「島の暮らし（民俗）」「かくれキリシタン」「シーファンタジックアリーナ」の常設コーナーのほか、企画展や絵画展を行う企画展示室がある。