16世紀末から、この地にあったサン・ラザロ病院とサン・ジョアン・バプチスタ教会が禁教令により破却され、その後1620年（元和6年）にできたのが、本蓮寺です。長崎三大寺の一つともいわれ、一画にあった塔頭には勝海舟も4年間滞在しました。海軍伝習所で航海術や砲術を学んでいた勝は、寺の近くに住んでいたお久（梶クマ）とのロマンスも伝えられています。

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